Luego de pasar un duro invierno sobreviviendo sin ningún refugio fijo, el grupo de Atlanta y los sobrevivientes restantes de la familia Greene se han unido en el transcurso de su tiempo juntos, buscando un lugar seguro donde vivir. Durante su estadía en el primer lugar en el que acamparon tras haber perdido a la granja, Rick y Daryl descubren una prisión abandonada infestada de caminantes y al trabajar en equipo con el apoyo de todos los miembros, el grupo se las arregla para despejar el patio delantero en solo una tarde logran eliminar a todos los caminantes del patio con éxito. Lori cuyo embarazo esta más progresado trata de conectarse con su esposo, pero este furioso de haber sido manipulado por ella, se mantiene distante y continua forzando al grupo a despejar los pabellones principales de la prisión, una tarea en la que se ven obligados a atender a Hershel, que fue mordido por un caminante en la pierna. Con pocas opciones Rick opta por amputar el miembro infectado del anciano, provocando que se desangre y para la sorpresa de todos se topan con un quinteto de prisioneros refugiados en la cocina: Tomas (Nick Gómez), Axel (Lew Temple), Andrew (Markice Moore), Big Tiny (Theodus Crane) y Oscar (Vincent Ward) quienes no parecen conscientes de lo ocurrido en el mundo exterior y cuentan con muchos recursos que podrían servirle a los sobrevivientes.

Hershel comienza a agonizar, el grupo se concentra en atender al primero y eventualmente lidiar con los prisioneros, con quienes establecen un trato para quedarse en el lugar. Sin embargo uno de ellos, Tomas quiere la prisión para su grupo y tras fallar en asesinar a Rick, este termina siendo asesinado por el sheriff para la sorpresa del resto de los prisioneros. Al poco tiempo Hershel se recupera de sus heridas y Rick en apariencia elimina a Andrew, otro de los prisioneros que había desarrollado un resentimiento hacia el por la muerte de su líder.

En otra parte de la ciudad, Andrea ha sobrevivido los últimos meses gracias a la ayuda recibida de su más reciente amiga, Michonne (Danai Gurira), una sobreviviente que se defiende con una katana y usando a dos caminantes encadenados sin brazos y sin mandíbulas para que no puedan atacar y así usarlos de camuflaje, ambas se ven obligadas a desplazarse en busca de un refugio. La búsqueda de las dos las lleva a cruzar en el camino con un grupo de supervivientes provenientes de un pueblo llamado Woodbury liderados por un hombre benevolente conocido como "El Gobernador" (David Morrissey).6 . Su hombre de confianza es más que Merle Dixon (Michael Rooker) aquel hermano mayor de Daryl quien fue dado por desaparecido llevando una protesis en la mano derecha la cual se la secciono para escaparse de una horda de caminantes cuando Rick lo esposo en Atlanta su protesis lleva una daga para defenderse de los caminantes, para la sorpresa de las dos Merleas captura y las lleva a una comunidad variada de personas que se mantienen a salvo de los caminantes con una barrera fuertemente custodiada por los secuaces del Gobernador. Lo que nadie sabe, es que el líder en secreto es un cruel y despiadado hombre que junto a sus seguidores asaltan y matan a los sobrevivientes ajenos y cercanos por sus recursos y municiones. Desde que el Gobernador fuerza a Andrea y a Michonne a quedarse en Woodbury, esto termina provocando una fractura en la relación entre las dos; ya que mientras que Andrea se encariña con el lugar y desarrolla una atracción por el líder del lugar, Michonne por otro lado sospecha de la supuesta armonía del lugar y tras fracasar de convencer a Andrea de irse, termina abandonando al pueblo.

De regreso en la prisión, justo cuando parecía que el grupo se había adaptado a la vida en su nuevo hogar se ven obligados a hacerle frente a un inminente ataque interior, orquestado por un vengativo Andrew quien revela haber sobrevivido ante una aparente muerte y este trata de tomar la prisión por la fuerza. Y aunque el mismo es detenido por sus propios compañeros y la amenaza de los caminantes son contenidos, no logran evitar las muertes de su compañero T-Dog (IronE Singleton), quien se sacrifica para rescatar a Carol (Melissa McBride), que fue dada por muerta por el grupo antes de ser encontrada por Daryl y la muerte de Lori que muere dando luz a su bebe que resulta ser una niña. La perdida de Lori, traumatiza a Rick hasta el punto en que comienza a perder su cordura, lo que obliga a Daryl a asumir el liderazgo del grupo en forma temporal y de esa forma los mismos son capaces de adaptarse a su recién integrante.

Por otra parte Michonne se ha convertido en una prófuga de Woodbury, y comienza a ser cazada por los secuaces del Gobernador, dirigidos por Merle Dixon. Esta se las arregla para evitarlos y elimina a varios soldados, de pronto Michonne logra a ser capturada por Merle quien apunto de matarla fue salva in extremis por un grupo de caminantes durante el proceso Merle logra herir con un roce de bala a Michonne quien logra escapar de este, después Merle intenta seguir el rastro de Michonne pero captura a Glenn y a Maggie en su lugar (quienes se encontraban buscando alimento para la bebé) y los lleva a su refugio donde los dos son torturados hasta que los mismos finalmente confiesan donde se encuentra su grupo. Michonne logra dar con la prisión en donde es salvada y curada por Rick, Carl y Hershel, tras informar al grupo de la captura de Glenn y Maggie, un semi recuperado Rick arma un equipo y se dirigen a una misión de búsqueda y rescate. Con la guía de Michonne, el grupo se escabulle en Woodbury recuperan a sus miembros perdidos, pero terminan enfrentándose a varios miembros del pueblo en la que Oscar pierde la vida. Michonne aprovecha la oportunidad para enfrentar al Gobernador en un violento combate que termina con el hombre perdiendo su ojo derecho y con la muerte de la zombificada hija del mismo. A causa de lo ocurrido el Gobernador y el grupo de Rick terminan iniciando una rivalidad, como primer ataque, el trastornado hombre considera el ejecutar a Daryl y a su hermano Merle frente a todo el pueblo. Pero la ejecución es eventualmente frenada por el grupo de Atlanta. A su regreso a la prisión, Rick descubre que un pequeño grupo de sobrevivientes dirigidos por un hombre llamado Tyreese (Chad L. Coleman) han entrado a la prisión y quieren unírseles, pero esto termina reactivando la demencia del sheriff que termina por expulsar a los sobrevivientes. Un estado en el que permanece por un tiempo hasta que la prisión recibe un ataque sorpresa del Gobernador en el que Axel pierde la vida.

Andrea queda sorprendida de saber que su antigua comunidad sigue con vida, y partir de entonces comienza a tener un afán por salvar a los dos grupos de más muertes al buscar una forma pacifica de arreglar la riña entre ellos. Para lograrlo organiza una junta entre los líderes de ambos grupos, los dos llegan a un potencial acuerdo: sí Rick le entrega a Michonne al Gobernador, la guerra será cancelada. Sin embargo Andrea se entera por boca de Milton Mamet (Dallas Roberts), la mano derecha del Gobernador, que la guerra sigue en pie y con esto en mente, Andrea escapa de Woodbury en un intento desesperado por salvar a su grupo ella termina siendo capturada antes de lograrlo. Luego Andrea estuvo en cautela, Rick decide acceder al trato que estableció (ignorando que su rival no tiene planeado respetar su palabra) y recurre a la ayuda de Merle para llevar a cabo el ruin acto. No obstante Merle sabiendo que Rick no tiene las agallas para cumplir el trato, secuestra a Michonne y finge entregarla, solo para terminar atacando a las fuerzas del Gobernador en un combate este lograr acabar con una buena parte de la milicia del Gobernador, justo El Gobernador es salvado de morir por Martínez su nueva mano derecha y Merle es asesinado por el Gobernador, quien permite que el mismo se convierta en caminante en donde un triste Daryl acaba penosamente a su zombificado hermano. El día de la confrontación entre Woodbury y los sobrevivientes de la prisión, Milton le saboteo el plan del Gobernador al darse cuenta de su psicopatia y El Gobernador lo golpea salvajemente y la única manera de perdonarlo ds asesinando a Andrea el enfermizo hombre le otorga un objeto punzante a Milton pero este intenta matar al Gobernador pero astutamente El Gobernador logra reducirlo y lo apuñala dejándolo mortalmente herido frente a una cautiva Andrea para que este muera y se convierta y así asesine a la mujer. Sin embargo un agonizante Milton le brinda unas pequeñas pautas para que ella pueda escaparse pero el hombre muere y se reanima y ataca a Andrea quien esta esposada en una silla. Sin embargo el ejército de Woodbury y El Gobernador asaltan por segunda vez la prisión pero el grupo de Rick se las arreglan para derrotarlos y expulsarlos de la prisión con unas buenas tácticas de estrategia. El ejército de Woodbury fracasa y toman la retirada. Sin embargo El Gobernador en mitad de la ruta les ordena a su ejército atacar nuevamente pero ellos lo desobedecen y en respuesta a su fracaso y con varios miembros cuestionándolo, el Gobernador ejecuta a buena parte de su ejército y huye con sus dos únicos leales súbditos (Martínez y Shumpert). Cuando Rick y los demás deciden buscar a sus enemigos para finalmente terminar con la guerra, estos se topan con la única sobreviviente de la milicia del Gobernador a quien la salvan de una muerte segura a manos de su zombificados compañeros de Woodbury, Rick y los demás se dirigen a Woodbury en donde Tyresse y su hermana en el ahora menos poblado pueblo de Woodbury tratan de abatirse pero Karen les explica que el grupo de Rick la salvaron y les revela la enfermiza personalidad del Gobernador, además de que se topan con una malherida Andrea, que había sido mordida por un zombificado Milton. Andrea se suicida para evitar su zombificacion, Rick y su grupo reciben a los sobrevivientes restantes de Woodbury en la prisión.