La sexta temporada comienza con la fuga de una gran manada de caminantes que se había reunido en una cantera. Rick comienza a organizar un plan para exiliar al rebaño caminante lo mas lejos posible de la comunidad de Alexandria, pero no todos están de acuerdo con los ideales de Rick ya que Carter un residente de Alexandria no aprueba la estadía de Rick en Alexandria y comienza a convocar a los residentes y comienza a convencerlos para acabar con Rick pero es descubierto por el policía y en un intento de matarlo Morgan lo convence para darle una oportunidad en la que Rick le perdona la vida a cambio que colabore en el plan que este organiza. Rick logra dominar a los residentes que están impactados por la violencia mortal y Rick sabe que los alexandrinos no están preparados para sobrevivir y por lo tanto varios de ellos se disponen a ayudarlo. El plan de Rick para atraer a los caminantes de distancia en unas filas comienza a funcionar pero falla cuando la mitad trasera de la manada se sienten atraídos por el ruido de una corneta la cual vendria a ser la invasión de Los Lobos en Alexandría, donde Carol acaba con gran parte de la pandilla de los Lobos, mientras que Morgan lucha para salvar vidas en ambos lados, Morgan lucha contra el líder de los Lobos y logra noquearlo. Michonne y Heath tratan de guiar a otros de vuelta a Alexandría con sacrificios desgarradores, Glenn quien había reprochado a Nicholas por sus malas acciones de Nicholas y trata de ayudarle a redimirse, es rodeado por una manada caminante cuando Nicholas se suicida y se presume a ver a Glenn muerto. Maggie y Aaron tratan de escaparse de Alexandría para buscar a Glenn, pero les resulta demasiado arriesgado con Maggie estando embarazada. mientras que Rick intenta ingresar a la comunidad, cuando de pronto los Lobos lo atacan pero este logra acabarlos y llega a la comunidad de Alexandria con las justas. Momentos antes Morgan revela tener al líder Lobo cautivo y este le cuenta sobre el trauma que sufrió y trata de hacerlo cambiar.

Carl quiere buscar a Enid, que huyó tras el ataque de los Lobos, pero Ron le disuade y le informa a Rick. Deanna, que había estado en una depresión a causa de la muerte de su marido, es empujada por Maggie a mirar hacia el futuro otra vez. Glenn sobrevive con las justas ante la manada y se encuentra con Enid; vuelven a Alexandría para encontrar la comunidad asediada por la manada caminante.

Daryl, Abraham y Sasha terminan atrayendo la mitad delantera del desfile caminante de distancia cuando son disparados por hombres armados en vehículos. Daryl es capturado brevemente por Dwight que está tratando de escapar de estos mismos hombres, y Dwight piensa que Daryl es uno de ellos y se volvió en contra quitandole su ballesta y su motocicleta. Mientras tanto, Abraham, que había ayudado a la ejecución de Pete de Rick y se ofreció para acompañar a Sasha a causa de su trastorno de estrés post-traumático, Abraham le ayuda a encontrar su calma. Daryl se reúne con ellos en uno de los camiones de combustible Dwight había estado buscando, pero son detenidos por una banda de motociclistas Los Salvadores ser Los Salvadores; Daryl los vuela en pedazos con un lanzador de cohetes RPG-7 encontrado por Abraham.

Un colapso estructural repentino se destruye un muro de fortificación de Alexandría abriendole paso a la manada caminante. Varios residentes del refugio en la casa de Jessie donde Ron les tiene un fuerte rencor a los Grimes, este se pelea con Carl. Lo cual dicha pelea atrae a la manada y la casa está invadida pronto, obligándolos a salir disfrazados con las tripas y sangre de los caminantes, mientras que Deanna es mordida al tratar de escapar de la manada hace una última resistencia. Deanna en su agonia le pide a Rick que cuide y lidere Alexandria y le agradece por todo lo que esta haciendo por su comunidad, pero cuando los caminantes logran invadir la casa de Jessie ella se dispone a distraerlos pero muere devorada por los caminantes invasores, mientras que Carol sospecha sobre la actitud cautelosa de Morgan y ella descubre que Morgan mantiene cautivo y con vida al líder de los Lobos. Carol intenta apuñalarlo pero es detenida por Morgan y ambos sin darse cuenta el Lobo se libera y los noquea a ambos y toma de rehén a Denise en eso aparecen Tara, Rosita y Eugene pero con una impotencia no pueden salvar a Denise. Carol después mata al Lobo, al darse cuenta más tarde que había cambiado y estaba salvando la vida de Denise, mientras Rick, Carl, Michonne junto con el padre Gabriel cuidando a la bebita de Rick, Jessie y sus hijos logran salir a los exteriores de la comunidad sin ningún problema comienzan a avanzar pero Sam comienza a entrar en pánico al ver a todos los caminantes y entra en llanto y esta consecuencia atrajo la atención de los caminantes que terminan devorandoselo esto provoca que Jessie entre también en desesperación y también es devorada por los caminantes al ser atraídos por sus gritos pero Jessie no suelta a Carl y al ver que ya no tenia salvación Rick le amputa el antebrazo para salvar a su hijo y esto provoca a que Ron intente acabar con la vida del policía pero es salvado por Michonne quien le incrusta su katana por la espalda Ron en su reacción dispara al aire, a continuación Carl recibe un rose de bala en donde pierde un ojo. Rick en su desesperación por perder a Jessie y el estado critico de Carl provoca a que este salga furioso y empieza a eliminar a varios caminantes y esto anima a muchos alexandrinos a ayudarlo incluyendo el padre Gabriel; Glenn regresa con Enid para salvar a Maggie pero son abrumados por los caminantes, acto seguido en que aparecen Daryl, Sasha y Abraham y los salvan de una muerte segura, Daryl organiza un plan para desviar a la manada por medio de la quema de combustible traído y gracias al plan de Daryl se ejecuta de manera exitosa la purga caminante. Rick admite que estaba equivocado acerca de los alexandrinos, ahora viendo que tienen lo que se necesita para vivir.

Dos meses después de este brutal período de 3 días, que dejó treinta muertos alexandrinos, la comunidad se enfrenta a una escasez de alimentos. Rick y Daryl conocen a Paul Rovia apodado como "Jesús" quienes empiezan a tener un antagonismo debido a que este les quita sus provisiones, pero mas adelante el los lleva a su comunidad conocida como la colonia "Hilltop" aceptan su invitación para el comercio de alimentos en la colina. Cuando de pronto Rick y el grupo son informados por la colonia que están siendo extorsionados, llegan a un acuerdo para matar Negan y sus secuaces llamados Los Salvadores a cambio de la mitad de los suministros de Hilltop. Rick y más de una docena de alexandrinos emprenden un ataque bien ejecutado contra Los Salvadores, logrando acabar con todos ellos sin ningun problema y mientras Carol y Maggie son tomadas como rehenes por dos mujeres pero ambas se las arreglan y logran lidiar con sus captoras. Después de haber matado a casi el doble de la mayor cantidad de Salvadores visto por los residentes Hilltop, incluyendo uno decía ser Negan, el grupo de Rick sienten que los han eliminado como una amenaza y Alexandría al parecer lleva la tranquilidad. Rick y Michonne se vuelven pareja y ambos comienzan a tener una relación sentimental, mientras que Abraham deja Rosita para estar con Sasha; Rosita busca a Spencer y ambos mantienen una relación sexual, mientras que Tara ha comenzado una relación con Denise y Carol con Tobin.

Denise les pide a Daryl y Rosita que la acompañen a una carrera de suministros de medicina cuando de pronto se arriesga por una soda la cual le gusta mucho a Tara y es reprochada por Daryl y Rosita, Denise trata de convencerlos pero es asesinada por un flechazo en la cabeza por la espalda con la ballesta de Daryl el asesino revela ser Dwight a quien se le ve con una cicatriz en el rostro y este dirige un grupo de Salvadores, manteniendo a Eugene como rehén, Dwight exige que Daryl y Rosita lo lleven a Alejandría, pero Eugene lo muerde en la entrepierna y esto le a permite Abraham abrir fuego y matando a varios Salvadores y a la vez libera a Daryl y Rosita y un fuego cruzado comienza lo que obliga a Dwight a tomar la retirada con Los Salvadores supervivientes. Con un montón de suministros Rick dobla la seguridad de Alexandría, pero Daryl va a vengar Denise y es perseguido por Glenn, Michonne y Rosita, los cuatro son capturados por Dwight. Mientras tanto, Carol sufre una crisis de conciencia y huye; Ahí se encuentra con un grupo de Salvadores patrulleros y tratan de tomarla como rehén y Carol dispara contra ellos acabando con una gran mayoría dejando a uno con vida. Rick y Morgan dejan Alexandría en busca de Carol, encuentra su coche y la patrulla Salvadora muertos, y siguen un rastro de sangre que esperan conduzca a ella. El Salvador solitario sobrevive también sigue el rastro. Morgan finalmente convence a Rick para volver a Alexandría cuando están en desacuerdo sobre matar a la gente. Morgan encuentra a Carol, y sin otra manera de convencerlo mata al Salvador que iba tras ella, y se encuentra con un grupo de supervivientes blindados dispuesto a darle a Carol asistencia médica.

Cuando Maggie sufre complicaciones de su embarazo, un pequeño grupo liderado por Rick emprenden un viaje a la colonia Hilltop para dar su asistencia médica. Sin embargo, Los Salvadores bloquean la carretera que lleva allí y el grupo se encontraba totalmente rodeado y sin salida. El grupo de Rick y los supervivientes son capturados por Dwight y son llevados ante Negan quien logra manifestarse y se presenta a sí mismo y afirma sus demandas de Rick, aunque él dice que tiene que matar a uno de ellos como castigo por matar a sus hombres. Negan elige al azar uno de los miembros del grupo con un bate de béisbol con alambre de púas llamado "Lucille" el final de episodio termina muriendo un miembro principal del grupo que se quedan observando con horror, el personaje se revelara la próxima temporada.